上清派约形成于东晋时期，以专门传播习炼《上清经》而得名。上清经是由《黄庭经》而衍生出的道经系列，也称《大洞真经》。上清派以存神服气为修行方法，辅以育经、修功德。
尊奉上清经系的道派。上清派创始人是东晋天师道士杨羲、许谧、许逊。晋哀帝兴宁二年（364），杨羲扶乩降笔，称紫虚元君上真司命南魏夫人降授《上清真经》31卷 ，命杨羲用隶写出，以传护军长史句容许谧及其子许逊，二许又传写上清经，并修行上 清经法得道。东晋末，王灵期至许黄民（许逊之子）处求上清经后，又增删润色，造作上清经法至五十余篇。江东道士慕上清经法丰博，争相传抄，故在江东地区形成传授修习上清经法的上清派。上清派以晋代女道士魏华存（南岳魏夫人）为第一代宗师，杨羲为第二代宗师。杨羲以下依经法传授次序，第三代至第九代上清派宗师是许穆、许翔、马朗、马罕、陆修静、孙游岳、陶弘景。陶弘景齐梁时居茅山传上清经法，开创茅山宗，上清派遂为茅山派所承袭。　
上清派以元始天王和太上大道为最高神灵。上清派最具特点的修炼方法是存思。认为通过存思，天地之神可以进入人体，人体之神与天地之神囗混融，即可长生不老，飞登上清。上清派的存思、服气、咽津、念咒、佩符等修持方法，对道教斋醮仪式影响甚大。陆修静《三洞经书目录》著录上清经186卷，有127卷流播于世，其代表性经典是《上清大洞真经》和《黄庭经》。上清派宗师出身江东士族，其造作和传播的上清经，使道教理论更趋成熟。上清派是东晋南北朝江东地区最有影响的道派。
上清派的重要经典《黄庭经》分内外两篇，全名《太上黄庭内景玉经》和《太上黄庭外景玉经》。《黄庭经》是茅山派的重要经典，也是后代全真道派的功课经。《黄庭经》是前代修炼养生经验的总结，又为后世的内修提供了基本理论和方法，被称为"寿世长生之妙典"。《黄庭经》的经文都是七言韵文，主张"扶养性命守虚无，恬淡无为何思虑"，追求恬淡无为的修炼方式而达到长寿的目的，修炼关键是男藏精，女藏胎，认为人以精为本，以气为根，使人"完坚"不丧，滋补元气，则老而可壮。它的修炼方法就是调息和存神，其调息法，就是"太和阴阳气"能通过运行，上达黄，庭至丹田，再返归黄，庭神守之。其"存神"方法，融合古道经和医经的五脏有神的说法，存思诸神，就可以通灵达神，洞观自然，养神炼气，乘云飞仙。
上清派的重要代表人物陶弘景（456－536）字通明，自号华阳隐居，谥贞白先生，丹阳秣陵（今江苏南京）人，出身于江东名门丹阳陶氏。永明10年（492），36岁时，辞去官职，"脱朝服挂神武门，上表辞禄"（《南史·陶弘景传》），退居句容之句曲山（茅山）修道。归隐以后，陶弘景仍"知时运之变，俯察人心，悯涂炭之苦"。陶弘景和他的弟子在茅山经营数十年，从而使茅山成为上清派的中心，故后世也称上清派为"茅山宗"。他编写的 《真诰》一书记录茅山道教的传授历史，人数在百人以上。
由于他的学识和造就，陶弘景得到朝野尊崇礼问。 他开创了融合道佛的先例，采取佛道双修的态度。由他编写的《真诰》以轮回转生和地狱的说法，代替了"承负"和东岳主人魂魄的传统说法。陶弘景晚年"曾梦佛授其菩提记"，自称"胜力菩萨"转世，亲自到宁波阿育王塔受戒。归茅山后，即建佛道两坛，隔日朝礼。临终时，遗言死后"冠巾法服"，"佩符 左腋下"，外面"通以大袈裟覆衾蒙首足"， "道人道士并在门中，道人左，道士右。"他还编订了道教的神仙谱系。陶弘景编订的第一部道教神仙谱系称《真灵位业图》，包括天神，地祗、人鬼和诸多仙真，大约3000名，以7个等级排列，其中央的上下次序是：元始天尊，玉晨元皇大道，太极金阙帝君，太上老君（无上太道君），九宫尚书，定录真君中茅君，丰都北阴大帝。他对于养生学、医药学和炼丹术也有贡献，主要体现在他的《养性延命录》中，此书总结了北魏张湛对《养生集》、《摄生论》、《养生术》等著作编集整理的养生理论，保存从先秦到两晋的已佚著作达32种。其基本理论就是养神和炼形，"神大用则竭，形大劳则毙"，养神就是要"游收虚静，息虑无为"，清心寡欲。炼形就是"饮食有节，起居有度"。
在唐代，以传授上清经法为主的茅山宗一派，出了很多知名道士，如王远知、潘师正、司马承祯、吴筠和李含光等等。通过他们的活动，茅山宗逐渐成为在全国具有最高地位的道派。其中，王远知是茅山宗第10代宗师，为茅山宗进入唐代以后的兴盛，打下了重要基础。王远知出身于官宦之家，极得唐高祖和太宗的器重。贞观九年（公元635年）死后，在高宗调露二年9公元680年）被追赠为大中大夫，谥号升贞先生。四年后又获赠紫金光禄大夫称号。吴筠颇有才气，文章诗赋在当时都有佳评 ，得到唐玄宗的欣赏。玄宗曾问他关于道法的事，他回答说："道法之精，无如《五千言》，其诸枝词蔓说，徒非纸札耳。"吴筠著有《玄纲论》、《神仙可学论》、《形神可固论》等，对道教炼养义理学说有很大贡献。第13代宗师李含光，世家大族子弟，广陵江都（今江苏扬州）人。中宗神龙元年（705）入道，开元年间从司马承祯学道于王屋山，在嵩阳生活了20多年。玄宗对他极为敬重，在《命李含光建茅山坛宇敕》中称他"道高紫府，学总黄庭"。天宝年间，李含光得到玄宗所赐的玄静先生称号。晚年他居住在茅山紫阳观。
北宋中期以后，这一派渐渐衰落。上清派历代宗师都得到过朝廷封号。在北宋中后期，它终于成为"经箓三山"之一。上清派第23代宗师朱自英曾为真宗祈神赐子，后来生了仁宗，被封为"国师"。第35代宗师任元阜，曾受南宋宁宗诏令，做大道场禳除水灾。第44代宗师王道孟，为元帝祈雨驱蝗，得到"真人"封号。
进入元代以后，上清派很少有著名宗师出现。后可能融入正一道中。