有很多人分不清雷祖与王灵官，将二位神尊混同为一位。那二位神尊有什么联系，又有什么区别呢？

雷祖即九天应元雷声普化天尊，又称神霄玉清天王，是雷部最高神，也是道教最重要的神尊之一。据《无上九霄玉清大梵紫微玄都雷霆玉经》称，雷祖是浮黎元始天尊第九子玉清真王的化身，地位尊贵，统领雷部。白玉蟾祖师称“九天者，乃统三十六天总司也……盖以九天之名者，取其阳刚而不泯者之谓也。应元者，仰惟元始祖劫一炁分真，玉清真王应元之体。雷者，阴阳二炁结而成雷，既有雷霆，遂分部隶九天雷祖。因之以剖析为五属，神霄真王用之，以宰御三界……声者，天地之仁声也。……普化天尊者，自浮黎元始天尊生九子，玉清真王化生雷声普化天尊。天尊以历劫应化，随时示号。本元始祖劫一炁分真，乃玉清真王，九霄主宰。”在这里，雷祖被描述为元始天尊之子，玉清天王化身，九霄主宰，三界之主。雷祖神号也蕴藏着无穷意蕴，统领九天，实为阳刚，应于一元妙气，掌握阴阳相激之雷，发天地之仁声，普化众生。

雷祖信仰的兴起，与雷法的产生密切相关。王文卿真人、林灵素真人、张继先天师，三位真人雅善雷法，开启神霄一脉。神霄雷法不单单是外在符咒，而是与个人修行密切相关。在信仰的修行实践中，掌握雷法之力。张继先天师就曾说，符咒是以内丹修行为基础的。随着神霄大师们的成长，雷法在道教内的话语权逐步增强，也引起了宋王朝的注意，并延请神霄祖师前来为宫廷服务。在这一过程中，神霄大师们通过自己的修为，取得了很多的成绩，也获得了君王的信任，并进一步增强了神霄雷法的号召力与影响力。其中最为重要的就是宋徽宗自称道君皇帝，相信自己是神霄玉清天王转世，统领天界人间。借助朝堂的力量，以及神霄大师们自己的能力，雷法很快产生了巨大的影响力。

王灵官本为萨守坚真人点化神仙，萨真人乃是宋代得道，曾师法神霄派三位祖师，并学得雷法，而萨真人也与灵官有着密切关系。可以说，萨真人是联系雷祖与灵官二位神尊的重要线索。据《历世真仙体道通鉴续编》记载，萨真人原为医生，后来弃医学道。萨真人听闻张继先天师、林灵素真人及王文卿真人道法高深，想要拜师学道，于是出蜀入陕，前往信州。一日行囊用尽，忽见三位道人走来，教授萨真人咒枣术、雷法，并赐法扇一柄，可以募资食饭、精修道法、治病救人，又赐书信一封，领持往天师府求师。萨真人秉持三位道人教诲，不贪利，不多求，扶危济贫，不一日来到信州天师府，方知所遇道人乃已故张继先天师、林灵素真人、王文卿真人。

萨真人学得道法后，曾经寓居在某城隍庙中，但却被城隍驱走，萨真人遂赠与去城隍庙还愿之人香火。其人焚香，遂有雷火下降，焚烧城隍庙，而不祸及隔壁。这位城隍便是王灵官，而这也是萨真人与王灵官的初次相遇。但是根据《三教搜神大全》卷二的记载，事情的起因则是因为当地以活人祭祀城隍，因而令萨真人引动雷火。但这个记载或许并不真确，因为后来王灵官上诉玉帝，说其无罪而遭灾，因此玉帝赐予灵官玉斧，相随萨真人，若有干犯天条，可以便宜行事。若王灵官真有吃人之事，又怎有可能上诉玉帝呢？因此这种说法并不准确。因被驱逐便火烧城隍，萨真人行事似乎也并不符合今日观念，但结合后来萨真人与王灵官的结交来看，则真人行事实在难以捉摸，或在若有若无之间。

王灵官暗中跟随萨真人三年（白玉蟾祖师记为一十二年），未见违反天庭律令之事，心内感慨，愿为部将，奉行法旨。萨真人于是奏请上帝，奏封为先天御前雷霆猛吏三五火车紏罚铁面无私豁落雷公职任，并传授道法。因此，王灵官的事迹是与萨真人密切相关，也可以视为神霄雷法传人。传说邱祖在玉帝面前，诉说修道之难，王灵官表示若有人修行，人只要有三分修持便有七分感应，有十分修持便随时照临，祖师大喜而谢。因此王灵官也是护法佑道之神。

至于明代，萨真人便与王灵官合祀。明代周思德真人受五雷火法，以灵官法闻名，又有成祖时诸多显圣事迹，王灵官信仰便大行于世，成为纠察过错之神。《太上元阳上帝无始天尊说火车王灵官真经》中又宣示了王灵官的职责：在众人“不敬三光，欺负神理，十恶忤逆，不忠不仁，不慈不善，不义不孝，毁伤物命，杀害众生”之时，元始天尊诏令王灵官“剪除凶恶，专治不忠不孝，违背君亲师友诸事”，王灵官也挺身担责，与萨真人一同济世。

通过以上的记载来看，雷祖与灵官并非是同一尊神，但是又有着极为密切的关联。雷电是人们最为熟知的大自然的力量之一，乔治·弗雷泽在《金枝》中也常用雷电巫术作为例证。可以说，在宗教巫术体系中，雷电是最为人们熟悉的威力巨大的力量。也因此，雷祖在道教中的地位极为尊崇，雷法成为道教重要法术。道教独特的天人观，又赋予雷电以神圣道德意蕴——至刚至阳，破邪破妄。因此在道教中，雷便代表着正义与道德。也因此，受雷法于萨真人的王灵官，作为雷部神将，便先天具有了对作奸犯科的纠察职责，也因此号称太乙雷神应化天尊——太乙表明灵官已得大道，雷神彰明灵官身份，应化明灵官随机应化、感应群生，天尊宣告灵官尊位。

因此雷祖与灵官，皆通雷法，但非一神。雷祖更接近先天得道、无始无终的先天创世神，而王灵官则是在后天修行返本还原的神灵。联系了雷祖与灵官的关键人物是萨守坚真人。萨真人修行雷法，道行高深，德行兼备，誓愿收摄群魔、断除邪鬼、判分人道、冤业消散，具大功德，后来也被尊奉为天师。