将整个南阳府的道纪司设立在玄妙观也许体现了明地方政府对玄妙观在具体事务层面和政治层面的重视，也同时反映出玄妙观的规模和政治影响力。实际上，明地方藩王对这座全真道观的眷顾，有利于玄妙观发展成为整个南阳地区颇具影响力的道观。自1375年以后，洪武帝的第二十三个皇子唐定王（朱桱，生卒年不详）的府邸就座落于南阳城的西北角，府中建有一座假山，山顶上建有一处楼阁。站在楼阁之上可以尽览南阳城的美景。[28]

整个明代，唐定王及其子嗣广泛资助道教宫观的修缮和扩建活动。在南阳地区，他们出资修复扩建的道观就有44处之多。作为南阳地区最为重要的也是最大的道教宫观，玄妙观是明政府资助最主要的受益者。1371年和1439年，这座道观经历了两次大修。唐定王不仅为修复工程捐助了善款，而且还在山门上题写了“玄妙观”匾额。在嘉靖和万历皇帝主政年间，南阳玄妙观又得到了进一步的重修和扩建。特别是1532年的重修工程极大地扩充了这座全真道观的规模和建筑结构。[29]

有明一代，虽然说道教正一派在中央政府所在地北京及其众多其他道教宫观中佔据著主导地位，但是在整个南阳地区全真教却一直非常活跃，许多全真道士通过个人的魅力和仪法技艺获得了颇高的声誉。其中的一个例子就是全真道士黄一真（号诚一子，1392～1472）。此人曾在玄妙观担任都记一职，而且在整个明代初期享有较高的声望。他是内乡县下关人，早在金朝末年下关地区就出现了全真教的传教活动。和众多其他著名的全真宗师一样，现存的仙传史料称，黄一真从怀胎到降生都一直伴有神奇而吉祥的徵兆。据称，黄母在怀上黄一真时曾经梦见北斗枢星环绕在自己的周身。黄一真降生时，天空中还泛起了红色的光芒。不过，据说他在年轻时就非常厌弃尘世生活。之后，他抛弃家业前往奉仙观（位于内乡县城内）做了一名道士。之后不久，黄一真便开始在奉仙观和镇平南部的五垛山之间云游学道。在五垛山，他拜全真道士李崇扑为师。作为一名修隐之士，追随师父修习自修之法长达30馀年，而且鲜有世人知晓。[30]

五垛山，又名骑立山，自唐代以来山上就建有一些道教宫观，并开展过一些信仰崇拜活动。唐代贞观年间（627～649），道士们就在这座山上创建了一些和祈雨密切相关的宫观殿宇。这座仙山作为大型的祈雨场所一直沿用至宋代。宋朝时期，山上的主庙被重新命名为龙堂。元朝政府继续对五垛山採取眷顾护持的政策，并赐予山上主庙供奉的龙神以侯爵的名号。到了明代早期的永乐年间（1402～1424），南阳西北部的这座五垛山也投入到对真武大帝顶礼膜拜的举国崇奉热潮之中。大约也是在这一时期，山上的主庙被更名为祖师庙，以示对已经登仙的真武神的敬仰。（朱棣及其追随者在击败了朱允炆以后，便供奉真武为明帝国的守护神）。同样地，也是在这一时期，五垛山山巅的一座宫观获得了一个全新的名字——北顶。很显然，这个名字昭示了以下两个方面的事实：其一，与南方的以武当山为中心的真武信仰之间存在的张力；其二，与武当山真武信仰的密切联系。不过，如果大明帝国护持武当山真武信仰反映了永乐皇帝追求政治合法性和神化自我的双重目的的话，南阳当地的祖师信仰则体现了一种具有地方特色、甚至有些离经叛道的神谱。根据流传至今的一些地方传说，实际上，朱允炆乃是真武大帝的化身。明朝的第二位皇帝被他的皇叔、武当山真武信仰的资助者朱棣赶下台后，南京的明皇宫失火时，朱允炆毫发未伤地躲过了此劫。后来，隐居在五垛山，过著隐士般的生活。通过修习张三丰等一些知名高道的自我修炼之法，他不断地提升自己身心的境界，其修真之路与先前的真武大帝成仙之路十分相似。[31]

南阳及武当山的真武信仰，也是黄一真拜五垛山全真道士李崇扑为师的历史背景。黄一真仙传中的很多事件，如与北极星相联系的降生、在五垛山的修道生涯，显然都是受真武大帝神启的体现。作为一名杰出的全真道士，黄一真的名字很快就传到了唐定王那里。之后，唐定王选命他担任道官，“主南阳北观”。这里的“北观”很可能指的就是玄妙观，因为这座“北观”在明代很长时间里都是南阳府道纪司的所在地。然而，黄一真声称自己不能胜任都记一职，因此并未在玄妙观居住。反之，却经常在大峪谷的玉清宫和玉仙宫之间游道，或是在自己的家乡内乡县的奉仙观修道。和众多高道一样，据说黄一真也曾预先向弟子们告知了自己的登仙时间。到了这一天，他正襟打坐，与聚集在前的徒弟和信众道别之后，便登仙证道了。[32]

因此，明代亲王对南阳玄妙观的眷顾以及南阳地区道教活动的发展状况，各种史料多有记载。这些活动充分体现了下述事实，即南阳玄妙观已经具备了一座大型的道教宫观的规模，足以构成一座道教丛林。黄一真的例子说明，明代初期在南阳地区的宫观生活中，全真道士一直是非常活跃的。我们应该在明代道教宫观的大规模扩张和发展的背景下，理解元代以来全真教的不断发展。明英宗时期编定的一部国家志书提到，当时南阳地区至少存有六座大型的道教宫观。[33]

南阳及其周边地区存在著大大小小的道教宫观网络体系。这就构成了作为一座主要的全真丛林以及17世纪早期的一座全真教中心而出现的玄妙观的物质和文化背景。